Matlamat utama program Amanah Anugerah Merdeka adalah untuk menggalakkan kepimpinan berwibawa, merangsang inovasi dan memupuk perspektif global sekali gus menaikkan nama Malaysia ke kedudukan yang unggul sebagai penggerak yang dinamik dan kompetitif era kontemporari merentas pelbagai sektor yang meliputi bidang sains dan teknologi hingga kepada sejagatnya bidang seni.
PETRONAS dan Shell, dua entiti pengasas yang merupakan penyelenggara usaha murni ini terus setia menyokong usaha mulia Badan Amanah walaupun selepas ExxonMobil mengundurkan diri pada tahun 2021.
Penaung Diraja dan Pengerusi Amanah Anugerah Merdeka ialah Duli Yang Maha Mulia Paduka Seri Sultan Nazrin Muizzuddin Shah, Sultan Perak Darul Ridzuan.
Mulai tahun 2019, Anugerah Merdeka dianjurkan setiap dua tahun sekali, secara bergilir-gilir antara Anugerah Merdeka dengan Geran Anugerah Merdeka untuk Penempatan Antarabangsa. Perubahan ini dibuat dengan hasrat untuk melibatkan lebih ramai rakyat Malaysia, justeru meluaskan lagi komitmen kami untuk memupuk budaya kecemerlangan dan memperjuangkan kepimpinan pemikiran dan inovasi dalam sektor-sektor utama.